شكل المجلس العلمي أهمية كبيرة في الجامعة؛ لأن مهامه متعددة وحيوية، تسهم بشكل ما في تحقيق رسالة الجامعة وأهدافها، وأبرز مهامه: التوصية بتعيين أعضاء هيئة التدريس بعد تقويم شهاداتهم، والبتّ في الترقيات، ووضع قواعد تحفيز الباحثين على الإبداع والابتكار، واقتراح إنشاء مراكز البحث العلمي والتنسيق بين المراكز الموجودة، والتوصية بإنشاء الجمعيات العلمية.
وقد شُكّل المجلس العلمي في الجامعة برئاسة سعادة وكيل الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي وعضوية ستة من أعضاء هيئة التدريس في 1431/4/1هـ ، وعقد عدة اجتماعات، ناقش فيها العديد من الموضوعات واتخذ عدة قرارات، كان من أبرزها توزيع أعمال المجلس على ثلاث وحدات إدارية: وحدة للتعيينات، وحدة للترقيات، وحدة للنشر والترجمة، كما مارس المجلس صلاحياته في ترقية وتعيين ونقل عدد من أعضاء هيئة التدريس، وتحديد ضوابط حضور أعضاء هيئة التدريس غير السعوديين المؤتمرات والندوات، وتكليف المجلس على إنهاء اللائحة الداخلية للمجلس.