أمانة المجلس العلمي هي الجهة الإدارية والتنظيمية الداعمة للمجلس العلمي في الجامعة، وتعمل على تنسيق أعماله وتيسير تنفيذ مهامه. تتولى الأمانة الإشراف على التحضير لاجتماعات المجلس واللجان المنبثقة عنه، وتجهيز ملفات الموضوعات العلمية والأكاديمية التي تُعرض على المجلس، إضافة إلى متابعة تنفيذ القرارات الصادرة عنه بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة داخل الجامعة. كما تتكفل الأمانة بحفظ وتنظيم الوثائق والسجلات الخاصة بملفات التعيين والترقية والنشر والترجمة والدراسات العلمية وبدل التميز، وتقديم الدعم الإداري والفني لضمان سير أعمال المجلس واللجان بكفاءة وشفافية.