تعتبر إدارة الميزانية من الادارات الهامة والرئيسة في الجامعة وتم إنشائها بتاريخ 1/4/1432 هـ بتوجيه من معالي مدير الجامعة وترتبط تنظيمياً بسعادة مدير عام الشؤون الادارية والمالية وهدفها الرئيس تحقيق متطلبات الجامعة المالية بالتعاون مع وزارة المالية و وزارة التعليم العالي وكذلك إعداد مشروع ميزانية الجامعة بما يتماشى مع الخطة الخمسية وقواعد الميزانية و التبليغ بها بعد صدورها للجهات المختصة بالجامعة , ورفع التقارير الدورية وخطة الصرف ومتابعتها واقتراح المناسب و الحث على الترشيد في الإنفاق كذلك القيام بالمناقلات والتعزيزات التي تطرأ لتغطية الصعوبات المالية التي تواجهها الجامعة .